1875年1月12日沈葆楨等上呈《請建明延平王祠折》,請求恩准在臺南為鄭成功建“延平郡王祠”,以順輿情。
沈葆楨認為教會可以敦風厲俗,消除種族歧見,奏請"保障天主教自由傳教的權利",1875年1月,同治皇帝准沈葆楨奏請,特親賜“奉旨”照準聖石,鑲於屏東萬金天主教聖堂正面上方,自此官兵路過必下馬行禮。
連橫在《臺灣通史》中評價沈葆楨對臺貢獻“析疆增吏,開山撫番,以立富強之基,沈葆楨締造之功,顧不偉歟”。
臺北市政府為了紀念沈葆楨在臺灣所做的諸多貢獻,將市政大廳命名為“沈葆楨廳”。