日軍退出臺灣後,沈葆楨提出“善後即創始”,並逐步著手實行“開山”、“開禁”、“開府”、“開礦”等措施,全面治理臺灣。由於沈葆楨之後主持臺灣行政的大臣多與船政有所淵源,因此船政也成為支持臺灣早期近代化開發的力量之一。
對於沈葆楨在臺灣的功績。李鴻章在信中稱道:“我公在彼開此風氣,善後始基,其功更逾於掃蕩倭奴十萬矣。”